Dálkové studium Vyšší odborné školy vodního hospodářství a ekologie Vodňany je otevíráno nepravidelně především v závislosti na zájmu uchazečů o tuto formu studia. Je určeno uchazečům se středním vzděláním úspěšně ukončeným maturitní zkouškou. Studium je zaměřeno na problematiku vodních a vodohospodářských staveb, ekologie vod, rybářství, ale také na oblasti právní, ekotoxikologie, ochrany povrchových vod aj.
Dálkové studium trvá 3,5 roku. Učební plán je odvozen od plánu denní formy studia. V rámci studia probíhají ve škole 1x měsíčně 3 denní konzultační soustředění (září až prosinec a únor až červen), v lednu a v červnu je zkouškové období. Součástí studia je vypracování absolventské práce zadané na téma z oblasti ochrany přírody a vodního hospodářství se zaměřením na ochranu vod. Studium je zakončeno absolutoriem z modulů (předmětů): odborná zkouška, cizí jazyk, obhajoba absolventské práce.
Po úspěšném absolvování školy absolutoriem je získán titul Dis., v oblasti ekologie a vodního hospodářství.